Η διαχείριση φαρμακείου είναι η συνολική διαχείριση ενός φαρμακείου. Περιλαμβάνει όλες τις πτυχές της λειτουργίας ενός φαρμακείου, όπως ο σχεδιασμός και ο προγραμματισμός, ο προϋπολογισμός, το μάρκετινγκ, τα αποθέματα και οι αγορές, καθώς και η εξυπηρέτηση των πελατών. Περιλαμβάνει επίσης τη διασφάλιση της τήρησης των νόμων και των κανονισμών που σχετίζονται με τη λειτουργία του φαρμακείου.

Η οργάνωση του φαρμακείου είναι ο τρόπος με τον οποίο ένα φαρμακείο οργανώνει τον εαυτό του και το προσωπικό του. Οι κύριες πτυχές της οργάνωσης του φαρμακείου είναι η στελέχωση, η τοποθεσία, ο εξοπλισμός, τα συστήματα πληροφορικής και οι διαδικασίες. Οι παράγοντες οργάνωσης του φαρμακείου, όπως η στελέχωση, μπορούν να έχουν σημαντικό αντίκτυπο στο κόστος λειτουργίας και στην ποιότητα της εξυπηρέτησης των πελατών.

Η ανεπάρκεια ή ο υπερβολικός αριθμός του προσωπικού μπορεί να οδηγήσει σε μειωμένη παραγωγικότητα και κακά πρότυπα παροχής φαρμακευτικών υπηρεσιών.

Αντίθετα, πολύ λίγο ή κακώς εκπαιδευμένο προσωπικό μπορεί να προκαλέσει απογοήτευση στους πελάτες καθώς και μειωμένη παραγωγικότητα για το ίδιο το φαρμακείο.

Εκτός από τα επίπεδα προσωπικού, άλλοι οργανωτικοί παράγοντες, όπως τα συστήματα και οι διαδικασίες πληροφορικής, είναι σημαντικοί τομείς που πρέπει να εξεταστούν όταν εξετάζεται ο καλύτερος τρόπος οργάνωσης ενός φαρμακείου. Οι παράγοντες αυτοί μπορεί να είναι ιδιαίτερα σημαντικοί όταν εξετάζονται αλλαγές στην τεχνολογία, τη νομοθεσία ή τη μεταρρύθμιση της υγειονομικής περίθαλψης.